واختلف في سنة وفاته فنقل ابن حجر عن الواقدي أنه مات سنة تسع وأربعين، وقال المدائني مات سنة خمسين، وقيل سنة إحدى وخمسين، وقال الهيثم بن عدي سنة أربع وأربعين، وقال بن منده مات سنة تسع وأربعين، وقيل خمسين وقيل سنة ثمان وخمسين، ويقال إنه مات مسموماً، قال ابن سعد أخبرنا إسماعيل بن إبراهيم أخبرنا بن عون عن عمير بن إسحاق دخلت أنا وصاحب لي على الحسن بن علي فقال: لقد لفظت طائفة من كبدي وإني قد سقيت السم مراراً فلم أسق مثل هذا، فأتاه الحسين بن علي فسأله من سقاك فأبى أن يخبره رحمه الله تعالى.
فقام إليه رجل يقال له: عبد الله بن مسلم بن شعبة الحضرمي.
فكر الحسين مسرعًا في إخفاء الجثة قبل حلول الصباح ، وحفر حفرة عميقة ووضع بها جثة آخيه الحسن ، ووضع معه بندقية الصيد وردم التراب ، وعاد إلى المنزل وبعد تفكير طويل دام ثلاثة أيام ، قرر الحسين انتحال شخصية آخيه الحسن ، وتوجه إلى مركز الشرطة وأبلغ عن اختفاء شقيقه الحسين.
ثم بعثوا هانئ بن هانئ السبيعي، وسعيد بن عبد الله الحنفي ومعهما كتاب فيه الاستعجال في السير إليهم، وكتب إليه شبث بن ربعي، وحجار بن أبجر، ويزيد بن الحارث و يزيد بن رويم، وعمرو بن حجاج الزبيدي، ومحمد بن عمر بن يحيى التميمي: أما بعد: فقد أخضرت الجنان، وأينعت الثمار، ولطمت الجمام، فإذا شئت فأقدم على جند لك مجندة والسلام عليك.