وفي فبراير من عام 1974، وبعد إلغاء مجلس الوزراء المحلي، أصبح سموه أول رئيس للمجلس التنفيذي الذي حل محل مجلس وزراء الإمارة، في اختصاصاته جميعها.
وللشيخ خليفة إسهامات مهمة في دعم أنشطة الدعوة الإسلامية فهو يسهم مادياً ومعنوياً في إنشاء ودعم المراكز الإسلامية، ويقدم مساعدات فعالة لكل من يعمل في حقل الدعوة إلى الله.
ففي شهر مايو من عام 2001، أكد الشيخ ، رئيس طيران الإمارات، أن الشركة تخطط، بناء على توجيهات الشيخ محمد، لشراء طائرات من الطراز الكبير، ربما يصل عددها إلى ستين طائرة، بقيمة عشرة مليارات دولار أمريكي.
وساهم هذا الترتيب لا في التخفيف عن المواطنين وتوفير مصادر دخل لهم، بل في قيام نهضة عمرانية واسعة، جعلت أبوظبي وغيرها من مدن الدولة مدناً حديثة ذات أبراج عالية تضاهي تلك الموجودة في كثير من مدن العالم العريقة.