وتضع الخطة الأولية لتطبيق مشروع المسارات الثانوية سنة أولى مشتركة، ويتم فيها الإعداد العام وعمليات الفرز والقياس والتوجيه، بينما يختار الطلاب والطالبات في السنتين الثانية والثالثة بين مجالين للدراسة؛ الأول مجال العلوم الطبيعية والتطبيقية مسار علمي عام - مسار علوم الحاسب والهندسة - مسار علوم الصحة والحياة ، والثاني مجال العلوم الشرعية والإنسانية مسار إدارة الأعمال - المسار الشرعي- المسار الإنساني العام.
.
أكملت وزارة التربية والتعليم تطبيق نظام توحيد المسارات الأكاديمية على جميع المدارس الثانوية في تجربة حديثة العهد، أسندتها بمجموعة من الاختصاصيين والأكاديميين المتفرغين الذين يشرفون على تطبيق النظام وتقييمه باستمرار.
التوجيه الأكاديمي للطلبة هل تسعى وزارة التربية والتعليم فعلاً لإنجاح هذا النظام؟ طبقاً لمصادر الوزارة، فإن هناك اختصاصين للقيام بالتوجيه الأكاديمي والمهني للطلبة بمشروع توحيد المسارات الأكاديمية وبشكل كامل، كما تم تخصيص حصة واحدة إلزامية أسبوعياً لكل طالب من أجل التأكد من تحقيق الأهداف المحددة من هذه العملية، أي أن كل طالب سيحصل على حصة في الفصل الدراسي الواحد، و حصة توجيه وإرشاد خلال دراسته في المرحلة الثانوية، وتعطى له كل المعلومات، بحسب حاجته واجتيازه التصاعدي لسنوات الدراسة، كما يقوم الاختصاصيون بالاتصال بأولياء أمور الطلبة للحوار معهم بشأن جميع القضايا المتعلقة بتحصيل أبنائهم وقدراتهم واهتماماتهم وغيرها من الأمور التي يحتاجونها، ليكونوا شركاء فاعلين في العملية التربوية.